Создадим 2 собственные функции для отображения картинки и гистограммы изображения. Загрузим исходное изображение.

Загрузим картинку для нашего анализа поканально в формате png. В С1 у нас будет хранится сигнал с поверхности клеток, в С3 - ядра.

Для начала обработаем изображение С3 медианным фильтром с использованием морфологического фильтра disk с ядром 3. Выведем получившуюся картинку и ее гистограмму.

Создадим маску, которая будет очерчивать наши объекты, уровень трешхолда поставим исходя из гистограммы С3_med. Те ядра, что касаются края изображения удалим. Некоторые ядра не разделились полностью, попробуем разделить их другим методом.

Используем морфологические фильтры чтобы отделить бэкграунд от объектов.

Воспользуемся алгоритмом трешхолда isodata.